Seminario Interdipartimentale di Algoritmica
 
 
 

Lunedì 3 Maggio 2002  ore 12:00
Estrazione di motivi strutturati in sequenze biologiche
Dr.ssa Nadia Pisanti
Inria Rhone Alpes

Dipartimento di Informatica e Sistemistica - DIS
via Salaria 113, II piano
Aula C2

Abstract: In questo seminario sara' presentato un software denominato SMILE che realizza in modo esatto l'estrazione di motivi approssimati. Il problema in questione ha molte applicazioni interessanti in molti campi che richiedono text mining. Noi ci occupiamo delle applicazioni alla biologia molecolare il cui interesse motiveremo nel corso del seminario. Rispetto ad altri metodi esistenti, SMILE tratta in modo efficiente i motivi strutturati, una variante particolarmente interessante dal punto di vista biologico. Tra le varie caratteristiche di SMILE e le ottimizzazioni ad esso apportate, presteremo particolare attenzione al miglioramente delle performance ottenuto grazie all'utilizzo di informazioni sulla massima estendibilita' di suffissi gia' analizzati. Per quest'ultimo aspetto mostreremo risultati sperimentali.