Bioinformatica (9 CFU) a.a. 2017/2018

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Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria biomedica, Sapienza Università di Roma

 

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Cos’è la bioinformatica?

Programma del Corso

Elementi di genomica: organizzazione del genoma, replicazione, trascrizione e traduzione, splicing alternativo, RNA codificanti e non codificanti, meccanismi di regolazione genica. Elementi di programmazione: ambiente R e Matlab. Bioinformatica: database biologici, ontologie. analisi di sequenze, algoritmi di allineamento, biotecnologie e next-generation sequencing. Regolazione genica del ciclo cellulare. Metodi di clustering. Analisi delle componenti principali. Reti complesse.

Informazioni sul corso (pdf)

Materiale didattico

Il materiale verrà aggiunto/aggiornato di volta in volta durante il corso.

Lezioni (6 CFU – Prof.ssa Giulia Fiscon)

·         Introduzione (zip) (Aggiornato al 27/9/2017)

·         Argomenti di biologia molecolare cellulare (zip)  (Aggiornato al 4/10/2017)

·         Introduzione alle banche dati  e banche dati biologiche (zip)

·         Banche dati biologiche – NCBI.  Parte I, II e III (zip) (Aggiornato al 5/10/2017)

·         Banche dati biologiche – DDBJ (zip)

·         Banche dati biologiche – GO e KEGG (zip)

·         Banche dati biologiche – UCSC genome browser (zip) (Aggiornato al 15/10/2017)

·         Banche dati biologiche – UCSC table browser (zip) (Aggiornato al 15/10/2017)

·         Banche dati biologiche – TargetScan e RNAi (zip) (Aggiornato al 24/10/2017)

·         Statistica: introduzione, test del chi quadro, FIDEA (zip) (Aggiornato al 31/10/2017)

·         Introduzione a Matlab (zip) (Aggiornato al 7/11/2017)

·         Matlab: Cell arrays (zip) (Aggiornato al 16/11/2017)

·         Matlab: Espressioni regolari (zip)

·         Matlab: Statistica. Toolbox e Ttest (zip) (Aggiornato al 25/11/2017)

·         Microarray e Next Generation Sequencing (zip)

 

Esercitazioni

·         Banche dati – NCBI (zip)

·         Banche dati – NCBI-BLAST (zip)

·         Banche dati – UniProt (zip)

·         Banche dati – Biomart (zip)

·         Banche dati – UCSC (zip)

·         Banche dati – UCSC Table Browser (zip) (Aggiornato al 15/10/2017)

·         Banche dati – TargetScan (zip)

Testo consigliati per gli argomenti di biologia molecolare cellulare:

George Plopper 
PRINCIPI DI BIOLOGIA DELLA CELLULA 
1a edizione italiana condotta sulla 2a edizione americana 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/principi-di-biologia-della-cellula

Bruce Alberts 
L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA – 4a edizione 
http://www.zanichelli.it/ricerca/prodotti/l-essenziale-di-biologia-della-cellula 

Dati sperimentali

·         Descrizione dei dati sperimentali (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer): cellule normali e cellule cancerose (zip)

·         Tumore al seno (breast cancer): microRNA di cellule normali e microRNA di cellule cancerose (zip)

·         TCGA barcodes (zip)

·         Descrizione step della tesina d'esame (zip) (Aggiornato al 25/11/2017)

·         Script per arricchimenti in geni target di microRNAs (zip)​ (Aggiornato al 25/11/2017)

Lezioni (3 CFU, Prof. Lorenzo FARINA)

Identificazione dei geni regolati dal ciclo cellulare

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Il problema biologico (zip)  (ver. 25.11.2017)

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Il metodo DL (zip) (ver. 25.11.2017) 

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Altri dati (zip) (ver. 25.11.2017) 

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Problemi e proposte (zip) (ver. 25.11.2017)

·         Geni regolati dal ciclo cellulare: dati e script Matlab (zip) (ver. 6.12.2017)

·         Esercizio su  geni CCR da portare all’esame (zip) (ver. 8.12.2017)

 

Clutering dell’espressione genica

 

·         Clustering dell’espressione genica (zip) ed esercitazione su clustering (zip)

·         Dati: variazioni su linee cellulari tumorali (zip)

 

Articoli di Riferimento

 

·         Ross et al. (zip)

·          Interazioni proteina-proteina, Biogrid  (link)

·         Reti metaboliche (link)

·         Target di fattori di trascrizione (link)