Bioingegneria per la genomica (9 CFU)
a.a. 2018-2019

Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Biomedica, Sapienza Università di Roma

Prof. Lorenzo FARINA

Per iscriversi alla mailing list del corso: qui (se possibile si prega di utilizzare l’indirizzo di posta elettronica istituzionale @uniroma1.it)

Informazioni sul corso
- Il corso non necessita di alcun prerequisito di biologia molecolare o bioinformatica e può quindi essere seguito da chiunque sia interessato.
- L’esame può essere svolto in due modalità: 1) tesina e una domanda orale 2) tre domande orali. La modalità (1) è riservata agli studenti che frequentano il corso.
- La modalità tesina può essere utilizzata solo una volta (se si rifiuta il voto si perde la tesina) ed entro i primi due appelli che seguono il corso.

Materiale didattico (provvisorio, da aggiornare ed integrare)

Lezioni

· Introduzione al corso (zip)

· Introduzione alla biologia molecolare (zip)

· Il ciclo cellulare (zip)

· Metodi di clustering I (zip)

· Metodi di clustering II (zip)

· Analisi delle componenti principali (zip)

· Reti complesse (zip)

Seminari

· Prof. Matteo Pallocca

o 27/09 Introduzione: La rivoluzione in atto della Genomica di Nuova Generazione (zip)

o 2/10 Tecnologie Next-Generation Sequencing. Sessione Pratica: Controllo di qualità delle sequenze con FASTQC (zip)

o 16/10 Pipeline di analisi NGS. Sessione pratica: l’allineamento delle sequenze (zip)

o 27/11 Visita e lezione presso laboratori di Genomica IRE (zip)

· Ing. Daniele Bizzarri

o 20/11 Introduzione al database pubblico TCGA (The Cancer Genome Atlas) (zip)

· Dr. Ing. Giulia Fiscon

o 23/11 Introduzione all’utilizzo del “Genome Browser” (https://genome.ucsc.edu/) (zip)

· Dr. Valerio Licursi

o 11/10 Introduzione alla biologia molecolare (zip)

· Dr.ssa Rosa Falcone

o 4/12 Il cancro: aspetti biologici molecolari e aspettative di diagnosi e cura dall’analisi dei dati genomici (zip)

Esercitazioni

· Introduzione a Matlab (zip)

· Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Il problema biologico (zip)

· Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Il metodo DL (zip)

· Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Altri dati (zip)

· Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare – Problemi e proposte (zip)

· Clustering dell’espressione genica I (zip)

· Clustering dell’espressione genica II (zip)

· Componenti principali dell’espressione genica (zip)

· Reti biologiche (zip)

Dati sperimentali e tesina

· Geni regolati dal ciclo cellulare:

o Esempio base per tesina (zip)

· Clustering

o Dati su variazioni su linee cellulari tumorali (zip)

o Esempio base per tesina (zip)

Script Matlab

· Esercitazione su clustering (zip)

· Esercitazione su componenti principali (zip)

· Esercitazione sulle reti biologiche (zip)

Articoli di Riferimento

· Ross et al. (zip)

· Interazioni proteina-proteina, Biogrid (link)

· Reti metaboliche (link)

· Target di fattori di trascrizione (link)

Software per l’analisi dei dati biomolecolari

· Matlab (licenza Campus Sapienza)

· Cytoscape (gratuito)

· TMEV (gratuito)