Metodi Computazionali per la Biologia Molecolare (6 CFU)
a.a. 2017-2018

Corso di Laurea Magistrale in Ingegneria Biomedica, Sapienza Università di Roma

AVVISO: la lezione di lunedì 9 Ottobre è annullata (visita medica)

 

Prof. Lorenzo FARINA

Informazioni sul corso
- Il corso non necessita di alcun prerequisito di biologia molecolare o bioinformatica e può quindi essere seguito da chiunque sia interessato.
- L’esame può essere svolto in due modalità: 1) tesina e una domanda orale 2) tre domande orali. La modalità (1) è riservata agli studenti che frequentano il corso.
- La modalità tesina può essere utilizzata solo una volta (se si rifiuta il voto si perde la tesina) ed entro i primi due appelli che seguono il corso.

Mailing list

https://groups.google.com/a/dis.uniroma1.it/forum/?hl=it#!forum/metodi-computazionali-per-la-biologia-molecolare

Materiale didattico

Lezioni

·         Introduzione alla biologia molecolare (zip)

·         Introduzione alla genomica (zip)

·         Il ciclo cellulare (zip)

·         Metodi di clustering I (zip)

·         Metodi di clustering II (zip)

·         Analisi delle componenti principali (zip)

·         Reti complesse (zip)

Esercitazioni

·         Introduzione a Matlab (zip)

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare - I (zip)

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare - II (zip)

·         Determinazione dei geni regolati dal ciclo cellulare - III (zip)

·         Clustering dell’espressione genica (zip)

·         Componenti principali dell’espressione genica (zip)

·         Reti biologiche (zip)

Dati sperimentali

·         Ciclo cellulare di lievito (S. cerevisiae):

o   Spellman alpha dataset (zip)

o   Spellman cdc 15 dataset (zip)

o   Spellman elu dataset (zip)

o   Granovskaia alpha dataset (zip)

o   Granovskaia cdc28 dataset (zip)

·         Variazioni su linee cellulari tumorali (zip)

Script Matlab

·         Esercitazione sui geni regolati dal ciclo cellulare (zip)

·         Esercitazione su clustering (zip)

·         Esercitazione su componenti principali (zip)

·         Esercitazione sulle reti biologiche (zip)

Articoli di Riferimento

·         Spellman et al. (zip)

·         Granovskaia et al. (zip)

·         De Lichtenberg et al. (zip)

·         Ross et al. (zip)

·         Interazioni proteina-proteina, Biogrid  (link)

·         Reti metaboliche (link)

·         Target di fattori di trascrizione (link)

Software per l’analisi dei dati biomolecolari

·         Matlab (licenza Campus Sapienza)

·         Cytoscape (gratuito)

·         TMEV (gratuito)